Mesajlaşma uygulamalarının güvenliği, kullanılan şifreleme yöntemleri, veri toplama politikaları ve şirketlerin kullanıcı bilgileriyle olan ilişkisine bağlıdır. Güvenli kabul edilen bazı mesajlaşma uygulamaları: Signal: Uçtan uca şifreleme kullanır, açık kaynak kodu vardır ve kullanıcı bilgilerini minimum düzeyde tutar. Wire: Uçtan uca şifreleme kullanır. Line: Ücretsiz ve güvenli bir sohbet uygulamasıdır. Daha az güvenli kabul edilen uygulamalar: Telegram: Normal sohbetlerde uçtan uca şifreleme sunmaz, sadece aramalar ve "gizli sohbetler" özelliğinde bu şifreleme bulunur. WhatsApp: 2016 yılından beri mesajlarda, sesli ve görüntülü aramalarda uçtan uca şifreleme kullanmaktadır, ancak etkinliklerle ilgili meta veri toplayabilir. Güvenlik riskleri: İstihbarat servisleri ve kolluk kuvvetleri: Birçok devlet, mesajlaşma uygulamalarındaki verileri adli vakalar veya ulusal güvenlik tehditleri için talep edebilir. Güvenlik açıkları: Geliştiricinin farkında olmadığı "zero-day" açıkları veya kasıtlı bırakılan "backdoor"lar, mesajların dinlenmesine olanak tanıyabilir. Kamusal alanlarda kullanım: Telefonun çalınması veya şifresini öğrenen biri tarafından mesajların okunması riski vardır.