Hüseyin Sadeddin Arel, çeşitli makamlarda besteler yapmıştır. Öne çıkan makamlar arasında Neva, Hüseyni, Karcigar, Muhayyer ve Tahir bulunmaktadır. Neva: Arel'in bestelerinin %53,8'i Neva makamında yapılmıştır. Hüseyni: 13 bestesinin 7'sinde Hüseyni makamı kullanılmıştır. Karcigar: 51 adet Mevlevi Ayini, 108 Durak ve 87 İlahi gibi eserlerinde Karcigar makamı yer alır. Ayrıca, Arel'in eserlerinde 24 eşit olmayan aralık ve 5 makam (Uşşak ve Acem-Aşiran gibi) da kullanılmıştır. Arel, Türk makam müziğinde çok sesliliğe de önem vermiş ve bu doğrultuda eserler bestelemiştir.