Dört ana çeşit moleküler modelleme vardır: 1. Ball-and-Stick Modeli: Atomları renkli toplar, bağları ise çubuklar ile temsil eder. 2. Space-Filling Modeli: Atomların boyutlarını gerçek atom yarıçaplarına göre ölçeklendirir. 3. Skeletal Yapı: Atomları çizgilerin kesişim noktalarında varsayar, bağları çizgiler ile gösterir. 4. Kuantum Mekaniksel Modeller: Moleküllerin enerji seviyelerini, elektron dağılımlarını ve kimyasal bağların doğasını incelemek için kullanılır.