Sonic 3 ve Knuckles oynamak için aşağıdaki adımlar izlenmelidir: 1. Sega Genesis'te: Hem Sonic the Hedgehog 3 hem de Sonic & Knuckles kartuşlarına sahip olunmalıdır. Sonic 3 kartuşunu, üzerinde "lock-on" teknolojisi bulunan Sonic & Knuckles kartuşunun üzerine takın. 2. Sonic Mega Collection'da: Her iki oyunu da en az 20 kez oynayın; beyaz Sega ekranı bir oyun olarak sayılır. Menüden çıkıp tekrar girdiğinizde, Sonic 3 & Knuckles seçeneği görünecektir. Kontroller: Hareket: Sol ve sağ yön tuşları ile hareket edilir. Zıplama: A, B veya C düğmesine basarak zıplanır. Spin Dash (Dönerek Dash Yapma): Önce aşağı tuşuna basılı tutup, ardından A, B veya C düğmesine basarak spin dash yapılır. Kamera Hareketi: Yukarı tuşu ile kamera yukarı taşınır, aşağı tuşu ile aşağı taşınır. Sonic 3 & Knuckles, Sonic 3 ve Sonic & Knuckles'ın birleşik hikayesini sunar ve her iki oyunun da karakterlerini kontrol etme imkanı sağlar.