Jason Bourne'un en güçlü düşmanı, film serisine göre değişiklik göstermektedir: 1. "Medusa Darbesi" (The Bourne Supremacy) filminde, CIA Müdür Yardımcısı Ward Abbott Bourne'un en büyük düşmanlarından biridir. 2. "Son Ültimatom" (The Bourne Ultimatum) filminde ise, Blackbriar birimi ve bu birimin arkasındaki CIA, Bourne'un en güçlü düşmanları olarak öne çıkar. 3. "Jason Bourne" (2016) filminde ise, Siber Operasyonlar Bölümü başkanı Heather Lee ve yeni CIA Direktörü Robert Dewey Bourne'un başlıca düşmanları arasında yer alır.