İyzico komisyon oranı, işlem başına %3,99'dan başlar ve ayrıca 0,25 TL işlem ücreti eklenir. Komisyon hesaplaması için örnek bir hesaplama şu şekilde yapılabilir: 1.000 TL'lik bir satışta, %3,99 komisyon oranı ile 39,90 TL komisyon bedeli ödenir. Buna ek olarak 0,25 TL işlem ücreti ile birlikte toplam 40,15 TL kesinti yapılır. Sonuç olarak, 1.000 TL'lik satıştan 959,85 TL ödeme alınır.