Tren istasyonunda inilecek durak, seyahat edilen şehre ve tren hattına göre değişir. İstanbul'da YHT (Yüksek Hızlı Tren) hatları için beş ana tren istasyonu bulunmaktadır: 1. Halkalı: Avrupa yakasında, Marmaray bağlantısıyla entegre bir istasyondur. 2. Bakırköy: Avrupa yakasında, özellikle Anadolu'ya giden YHT'ler için kritik bir duraktır. 3. Söğütlüçeşme: Anadolu yakasında, Kadıköy'e oldukça yakın bir konumdadır. 4. Bostancı: Anadolu yakasında, hem Marmaray hem de otobüs hatlarıyla bağlantı sağlar. 5. Pendik: Anadolu yakasında, İstanbul'dan Ankara, Konya ve Eskişehir gibi hatlara hizmet veren en eski YHT duraklarından biridir.