PDB dosyasını açmak için aşağıdaki yöntemler kullanılabilir: Uygun yazılım: PDB dosyası, genellikle Visual C++ gibi ilgili yazılımlarla açılır. Çevrimiçi görüntüleyici: Dosya, tarayıcı penceresine sürüklenerek çevrimiçi PDB dosya görüntüleyicilerde açılabilir. Moleküler görselleştirme yazılımları: PyMOL, UCSF Chimera, VMD, Jmol ve ChimeraX gibi programlar, PDB dosyalarını açmak ve analiz etmek için kullanılabilir. PDB dosyası açılamazsa, dosya uzantısını doğru programla ilişkilendirmek, yazılımı güncellemek veya bir yazılım geliştiricisine başvurmak gerekebilir.