Star Trek'in 2. sezonunda çeşitli ilginç olaylar ve hikayeler yaşandı: 1. "The Changeling" bölümünde, bir uzay sondasının programlaması değişir ve Kirk'ü yaratıcısı sanmaya başlar. 2. "Mirror, Mirror" bölümünde, Kirk, Scott, McCoy ve Uhura yanlışlıkla paralel evrendeki kötü ikizleriyle yer değiştirir. 3. "The Apple" bölümünde, ilkel bir toplum, tanrı benzeri bir makineye hizmet etmek için var gibi görünür. 4. "The Doomsday Machine" bölümünde, Enterprise ve Constellation, eski bir silahın tüm bir yıldız sistemini yok etmesini engellemeye çalışır. 5. "Catspaw" bölümünde, güzel bir büyücü ve yardımcısı, Kirk ve Enterprise'ı illüzyonlarla esir alır. 6. "I, Mudd" bölümünde, Kirk, eski düşmanı Harry Mudd ile bu sefer androidlerin hükümdarı olarak karşılaşır. 7. "Metamorphosis" bölümünde, Galileo shuttlecraft'ın zorunlu inişi, tek bir insan sakini olan bir dünyada gerçekleşir. 8. "Journey to Babel" bölümünde, Spock'un babası, Enterprise'ın bir yolculuğu sırasında cinayetle suçlanır. Bu sezon, Star Trek evrenine birçok yeni unsur ve karakter de kattı.