Madra Dağı çevresinde yer alan bazı köyler şunlardır: Ayvalık ilçesine bağlı Karaderegüzlesi, Böyren, Burunören, Avunduk ve Kurucaoluk. Bergama ilçesine bağlı Kozak yaylası. Burhaniye ilçesinde mahalle çeşmeleri halinde ilçe merkezine dağıtılan meşhur Düdüklü suyunun kaynağı olan köyler. Ayrıca, Havran ve İvrindi ilçelerinde de Madra Dağı'na yakın köyler bulunmaktadır.