Powerpuff Girls'ün birçok düşmanı vardır, bunlar arasında: 1. Mojo Jojo - Dizinin baş kötüsü ve en zeki kahramanı. 2. Him - Transseksüel bir karakter. 3. Fuzzy Lampkins - Yarı insan, yarı maymun, yarı ayı bir hayvan figürü. 4. Yeşil Çete (Gangreen Gang) - Ergenlik çağındaki kötü ruhlu çete. 5. Amip Boys - Tek hücreli, plansız suç işleyen karakterler. 6. Rowdyruff Boys - Powerpuff Girls'ün erkek ve kötü versiyonları. 7. Prenses Morbucks - Zengin ve kötü niyetli bir karakter. 8. Sedusa - Kadınsı bir düşman.