İstanbul Muhafızları çizgi dizisinin konusu, İstanbul'un tarihî mekanlarında geçmektedir. Dizinin ana hikayesi, dört çocuk karakter olan Mehmet, Zeynep, Ali ve Elif'in, İstanbul'un tarihî eserlerine zarar vermek isteyen Gürgen ve Azmi adlı kötü karakterlere karşı verdikleri mücadeleyi anlatır. İkinci sinema filmi "İstanbul Muhafızları: Yüzyılın Muhafızları" ise, Gürgen ve Azmi'nin zaman makinesiyle 1920 yılına ışınlanarak, 23 Nisan'da toplanacak Meclisi engelleyip tarihin akışını değiştirme çabalarını ve İstanbul Muhafızları'nın bu planları engelleme maceralarını konu alır.