M3 ve M6 arasındaki bazı farklar: Video kayıt kalitesi: Canon EOS M6, 1080p videoları 60 fps'de kaydedebilirken, Canon EOS M3 bu özelliği 30 fps'de sunar. ISO değeri: Canon EOS M6, 25.600 ISO'ya kadar desteklerken, Canon EOS M3'te bu değer 12.800 ISO'dur. Batarya ömrü: Canon EOS M6, 295 çekim yapabilirken, Canon EOS M3'te bu sayı 250'dir. Sürekli çekim: Canon EOS M6, 9 fps sürekli çekim yapabilirken, Canon EOS M3'te bu değer 4,2 fps'dir. DxOMark Sensor puanı: Canon EOS M6, 78 puanla daha yüksek bir sensör puanına sahiptir. Ağırlık: Canon EOS M6, 390 gram iken, Canon EOS M3 366 gramdır. Ayrıca, Canon EOS M6'nın daha gelişmiş ölçüm teknolojisi kullanarak kalp atış hızını da ölçebildiği, Omron M6 ve M3 tansiyon aletlerinde ise M6'nın daha fazla özellik sunduğu gibi farklılıklar da bulunmaktadır.