Kağıt kromatografisi ve ince tabaka kromatografisi (İTK) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Sabit Faz: Kağıt kromatografisinde sabit faz olarak kağıt kullanılırken, İTK'de adsorban maddeler (alumina, silika jel, sellüloz vb.) cam veya plastik plakalar üzerine ince bir tabaka halinde yayılır. 2. Uygulama Şekli: Kağıt kromatografisinde numune ve standart, kromatografi kağıdına tatbik edilir ve hareketli faz (organik çözücü) tankta yürütülür. 3. Ayırma Hızı ve Verimlilik: İTK, daha çeşitli adsorban seçme olanağı sunar ve genellikle daha hızlı ve verimli bir ayırma sağlar (20-40 dakika gibi kısa bir sürede). 4. Görünür Hale Getirme: Kağıt kromatografisinde lekeler, uygun bir boya (genellikle ninhidrin) ile boyanarak görünür hale getirilirken, İTK'de UV ışığı veya özel reaktifler kullanılır.