Doğal pekmezde alkol, fermantasyon süreci nedeniyle oluşabilir. Pekmezdeki şekerler, maya ve bakteriler tarafından fermente edilerek alkol ve asitlere dönüştürülür. Bu süreçte: Maya fermentasyonu gerçekleşir; şekerler alkol ve karbondioksit üretir. Asetik asit fermentasyonu olur; bakteriler alkolü asetat (sirke asidi) ve suya dönüştürür. Özellikle ev yapımı pekmezlerde, düşük seviyelerde alkol oluşumu görülebilir.