Yazıcıda mürekkep yerine boya kullanmak, yazıcının modeline ve kullanılan boya türüne bağlı olarak farklı sonuçlar verebilir: Boya bazlı mürekkep: Canlı ve renkli baskılar sağlar, ancak zamanla solabilir ve neme maruz kaldığında lekelenme eğilimi gösterebilir. Pigment bazlı mürekkep: Uzun ömürlüdür, solmaya karşı dirençlidir ve neme maruz kalabilecek belgeleri yazdırmak için idealdir. Bazı yazıcı modelleri, orijinalinde hangi tür mürekkep kullanılıyorsa, muadil olarak da aynı türün kullanılmasını gerektirir; aksi takdirde yazıcı kafası zarar görebilir. Gıda boyası kullanılan bir yazıcıya mürekkep doldurmak ise, tankın ve boruların temizlenmesi şartıyla, sorun yaratmayabilir. Doğru mürekkep kullanımı için, yazıcının modeliyle uyumlu ve baskı gereksinimlerine uygun bir mürekkep seçilmesi önerilir.