USB ayırma birimi boyutu, kullanım amacına göre değişiklik gösterebilir: Küçük dosyalar için: Küçük küme boyutları, alandan tasarruf sağlar. Büyük dosyalar için: Büyük küme boyutları, sürücünün daha hızlı çalışmasını sağlar. Ayrıca, 2 GB'tan küçük flash bellekler için 4096 bayt (4 KB) ayırma birimi boyutu önerilir. USB bellek biçimlendirme sırasında, dosya sistemi seçimine göre de ayırma birimi boyutu belirlenebilir. En uygun ayırma birimi boyutunu belirlemek için, sürücünün ne amaçla kullanılacağının dikkate alınması önerilir.