PDF sertifikanın nasıl doğrulanacağı, sertifikanın hangi kurum veya sistem tarafından verildiğine bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Genel olarak PDF sertifika doğrulama yöntemleri: Karekod ile doğrulama. Sertifika kodu ile doğrulama. Adobe Acrobat Reader ile e-imza doğrulaması: 1. İmzanın üzerine tıklanarak imza özellikleri görüntülenir. 2. "İmza sahibinin sertifikasını göster" butonuna basılarak e-imzanın geçerliliği, imzalayan kişi bilgileri, imzalama zamanı ve belgenin değiştirilip değiştirilmediği kontrol edilir. PDF sertifikaların doğrulanması için ayrıca online doğrulama araçları da kullanılabilir, örneğin: Fileformat.ai. AvePDF.