Prusa i3 MK3s ve MK3s-SG arasındaki farklara dair bilgi bulunamadı. Ancak, Prusa i3 MK3s ve Prusa i3 MK3 arasındaki bazı farklar şunlardır: Filament sensörü: MK3, dolaylı sensör kullanırken MK3S, kaldıraç/kiriş kırılma IR sensörüne sahiptir. Bearing klipleri: MK3'ün yatak klipsleri U-boltlarla sabitlenirken, MK3S'de daha geniş klipsler bulunur. LCD ekranı: MK3, "Orijinal Prusa MK3 OK" gösterirken, MK3S/MK3S+ "Orijinal Prusa MK3S OK" gösterir. Ayrıca, MK3 ve MK3S modellerinin genel olarak farklı sıcak uçlar kullandığı ve bazı basılı parçaların bu farklılıklara göre değiştiği belirtilmiştir.