Prefabrik evlerin dezavantajları şunlardır: Dayanıklılık ve kısa ömür: Prefabrik evler, geleneksel evlere göre daha hafif malzemelerden yapıldığı için dayanıklılık konusunda endişelere neden olabilir. İzolasyon sorunları: Bazı prefabrik ev modellerinde standart olarak sunulan ısı izolasyonu, bölge iklimi için yetersiz olabilir. Tasarım kısıtlamaları: Prefabrik evler, modüler olduğu için tasarım konusunda geleneksel evlerdeki kadar esneklik ve çeşitlilik sunmayabilir. Değer kaybı: Prefabrik evlerin geleneksel evler gibi yatırıma uygun olduğu söylenemez, bu nedenle bir süre kullandıktan sonra satmak istendiğinde kâr elde edilemeyebilir. Yangın dayanıklılığı: Prefabrik evlerde kullanılan panellerin iç kısımlarında genellikle EPS, Xps, poliüretan köpük gibi malzemeler kullanılır ve bu malzemelerin yangın dayanıklılığı oldukça zayıftır. Fırtına dayanıklılığı: Prefabrik evler, fırtına gibi durumlara karşı daha zayıftır. Düzenli bakım gerekliliği: Prefabrik evlerde meydana gelen esneme ve genleşme nedeniyle her yıl düzenli bakım yapılması önemlidir.