HSYS (Halk Sağlığı Yönetim Sistemi) ve MBYS (Muayene Bilgi Yönetim Sistemi) arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Veri Kaydı ve Yönetimi: MBYS, muayenehaneye gelen hastaların tüm tanı, tedavi ve teşhis bilgilerini web tabanlı olarak kaydetmeyi sağlarken, HSYS hastaların kimlik bilgilerine göre arama yapılmasını ve yapılan işlemlerin kaydedilmesini veya silinmesini sağlar. 2. Entegrasyonlar: MBYS, çeşitli entegrasyonlarla hastaların ve sağlık çalışanlarının hayatını kolaylaştırırken, HSYS'te panel içerisinde farklı alt işlemler gerçekleştirilebilir. 3. Teknik Destek: MBYS kullanıcıları, teknik destek almak için Sağlık Bakanlığının Yazılım Destek Sistemi'ni kullanabilirken, HSYS kullanıcıları da aynı sistem aracılığıyla teknik ekiplere bildirimde bulunabilir.