Trojen ve malware terimleri aynı anlamda değildir, ancak malware, trojeni de kapsayan genel bir terimdir. Malware, kötü niyetli yazılımlar için kullanılan bir kısaltmadır ve virüs, spyware, worm ve trojen gibi çeşitli türleri içerir. Trojen ise, yararlı bir yazılım gibi görünen ancak aslında arka planda kötü niyetli işlemler gerçekleştiren bir tür malware'dir.