Konteyner kentlerde yaşamanın sağlık açısından bazı zorlukları bulunmaktadır: Isınma problemleri: Özellikle kış aylarında elektrik kesintileri nedeniyle ısınma sorunları yaşanmakta, bu da çocuklarda grip, soğuk algınlığı, astım, bronşit gibi sağlık sorunlarına yol açmaktadır. Su kalitesi: Bir dönem musluklardan tuzlu, klorlu ve çamurlu su akmış, bu durum çocuklarda ishal ve kusma gibi sağlık sorunlarına neden olmuştur. Hijyen sorunları: Ortak çamaşırhanelerde yaşanan sorunlar ve uzun süre yıkanamamak, uyuz gibi hastalıklara yol açmıştır. Zararlı hayvanlar: Konteyner kentlerin önüne uzun süre çöp bırakılması, fare, akrep, yılan ve böcek gibi zararlı hayvanların ortaya çıkmasına neden olmaktadır. Mahremiyet eksikliği: Sırt sırta kurulmuş konteynerler, ailelerin özel hayatlarını gözler önüne sermekte ve bu durum mahremiyet kaybına yol açmaktadır. Bu nedenle, konteyner kentlerde yaşamanın sağlık açısından riskli olabileceği değerlendirilmektedir.