Japonya'da denizaltı şehir olduğuna dair bir kanıt bulunmamaktadır. Ancak, Japonya'da denizaltılar inşa edilmektedir. Örneğin, Japonya Deniz Öz Savunma Kuvvetleri için geliştirilen Taigei sınıfı denizaltılar 84 metre uzunluğunda, 9.1 metre genişliğinde ve 3.000 ton deplasmana sahiptir. Ayrıca, 1945 yılında Amerikalılar tarafından ele geçirilen I-400 sınıfı denizaltılar, Japonya'nın II. Dünya Savaşı sırasında geliştirdiği ve uçak taşıyabilen denizaltı uçak gemileriydi. Yonaguni Jima açıklarında bulunan Yonaguni Anıtı ise, insan yapımı bir yapı olduğuna dair iddialarla birlikte, tarih öncesi bir batık şehir kalıntısı olarak da tartışılmaktadır.