iTunes, bilgisayara zarar vermez çünkü Apple'dan gelir ve Apple'ın resmi sitesinden indirildiğinde virüs içermesi beklenmez 2. Ancak, iTunes'a eklenen veriler nedeniyle sorunlar yaşanabilir; örneğin, iTunes güncelleme dosyaları yasal olmayan sitelerden indirildiğinde Mac'e virüs bulaşabilir 3.

iTunes'un bilgisayara zarar verdiğine dair genel bir kanı yoktur; ancak, yazılımsal hatalardan kaynaklanan sorunlar olabilir. Örneğin, iTunes açıkken ekranda yanıp sönme gibi sorunlar, grafik sürücüsü veya yazılım uyumsuzluğundan kaynaklanabilir 5. Bu tür sorunlar genellikle bilgisayara fiziksel zarar vermez, ancak çözümü için gerekli adımların atılması önerilir 5.