Mimari ve Tasarım: Mikrodenetleyiciler, sabit bir mimariye sahip olup, CPU, bellek ve çevre birimlerini tek bir çipte birleştirir ve genellikle tek bir görevi yerine getirir 12. FPGA'ler ise programlanabilir mantık blokları ve ara bağlantılar kullanarak yeniden yapılandırılabilir donanım sunar, bu da onlara daha esnek bir tasarım sağlar 13.

Programlama: Mikrodenetleyiciler, C veya C++ gibi üst düzey diller kullanılarak programlanır 2. FPGA'ler ise VHDL veya Verilog gibi donanım tanımlama dillerini (HDL) kullanır 23.

Performans: FPGA'ler, paralel işleme yetenekleri sayesinde birçok görevi aynı anda daha hızlı gerçekleştirebilir 24. Mikrodenetleyiciler ise sıralı işleme yapar ve performans açısından daha sınırlıdır 2.

Güç Tüketimi: FPGA'ler, daha karmaşık yapıları ve paralel işlemler nedeniyle daha fazla güç tüketir 34. Mikrodenetleyiciler ise daha az güç tüketir ve bu nedenle pille çalışan cihazlar için daha uygundur 3.

Maliyet: FPGA'ler, üretim maliyetleri ve geliştirme süresi nedeniyle daha pahalıdır 34. Mikrodenetleyiciler ise daha ekonomik ve yaygın olarak kullanılır 4.