F-104, Türk Hava Kuvvetleri'nden yüksek kaza oranı ve teknik sorunlar nedeniyle çekildi. Bu uçağın manevra yeteneğinin kötü olması, motor arızalarında havada tutunmasının sınırlı olması ve süzülememesi (planör uçuşu) gibi faktörler, pilotların kurtulma şansını azaltıyordu. Sonuç olarak, F-104 1993 yılında Türk Hava Kuvvetleri'nden emekli edildi.