Elegoo Neptune 3 ve 4 arasındaki temel farklar şunlardır: 1. Ekstruder: Neptune 4, çift dişli doğrudan tahrik ekstruderine sahipken, Neptune 3'te Bowden tüpü bulunmaktadır. 2. Isıtma Sistemi: Neptune 4'te bölgesel ısıtma sistemi (iki bölmeli) varken, Neptune 3'te tek bir ısıtıcı bulunmaktadır. 3. Yapı Hacmi: Neptune 4'ün yapı hacmi 225 x 225 x 265 mm, Neptune 3'ün ise 220 x 220 x 240 mm'dir. 4. Soğutma Sistemi: Neptune 4, dört ek soğutma fanına sahipken, Neptune 3'te bu özellik daha basittir. 5. Firmware: Neptune 4, Klipper firmware ile gelirken, Neptune 3 daha eski bir yazılıma sahiptir.