Elegoo Neptune 4 kalibrasyonu için aşağıdaki adımlar izlenebilir: Yatak kalibrasyonu: Ana menüden "Level" (Seviye Ayarla) seçeneği seçilir. Yazıcı merkezleme işlemini bitirdikten sonra, nozul ve tabla arasındaki mesafeyi (Z-offset) belirlemek için kalibrasyon kağıdı yerleştirilir ve nozul, kağıdın rahatça hareket edebildiği noktaya indirilir. "Auxiliary" (Yardımcı) seçeneğine tıklanıp "Confirm" (Onayla) seçilir. "Ok" butonuna tıklayıp "Confirm" (Onayla) seçilir. Yazıcı, baskı yüzeyindeki eğimi 121 noktada ölçer ve tolere eder. Z-offset tekrar kontrol edilip işlem tamamlanır. Nozzle PID kalibrasyonu: Web sayfası kontrol arayüzüne girilir. İlk olarak, fanı başlatmak için "M106 S225" komutu girilir. Nozzle PID kalibrasyon komutu olan "PID_CALIBRATE HEATER=extruder TARGET=170" girilir. Tespit testi tamamlandıktan sonra, yeni PID ayarlarını yazıcı.cfg dosyasına kaydetmek için "SAVE_CONFIG" komutu girilir. Kalibrasyon sırasında güvenlik önlemlerine dikkat edilmelidir.