Yamaha, çeşitli modellerinde farklı motorlar kullanmaktadır. Bazı örnekler: TRACER 9: 890 cc, 3 silindirli, 4 zamanlı, sıvı soğutmalı, DOHC motor. R25: 249 cc, çift silindirli, sıvı soğutmalı, DOHC motor. R1: 998 cc, 4 silindirli, çapraz düzlem (cross plane) teknolojisine sahip motor. Yamaha'nın motor modelleri ve kullanımları, model ve seriye göre değişiklik gösterebilir.