Mesajlaşma uygulamalarının güvenliği, kullanılan uygulamaya ve sunduğu özelliklere bağlı olarak değişir. Genel olarak güvenli kabul edilen bazı mesajlaşma uygulamaları şunlardır: Signal: Uçtan uca şifreleme özelliği sunar ve minimum kullanıcı verisi toplar. Telegram: Gizli sohbetler özelliğiyle uçtan uca şifreleme sağlar, ancak bu özellik varsayılan olarak etkin değildir. Wire: Uçtan uca şifreleme, açık kaynak kodu ve GDPR uyumluluğu ile öne çıkar. WhatsApp: Uçtan uca şifreleme özelliği bulunur, ancak Facebook ile veri paylaşımı nedeniyle gizlilik endişeleri doğurabilir. Threema: Yüksek düzeyde anonimlik ve güvenlik sunar, açık kaynaklıdır. Güvenli bir mesajlaşma uygulaması seçerken dikkat edilmesi gereken diğer kriterler arasında veri kullanımı ve toplama politikaları, uygulamanın şifreleme yöntemleri ve güncelleme sıklığı yer alır.