Cloudflare'in en iyi kullanım modu, web sitesinin ihtiyaçlarına ve mevcut SSL durumuna bağlıdır: Flexible (Esnek) Modu: Sunucunuzda SSL sertifikası yoksa tercih edilebilir, çünkü sadece Cloudflare ile ziyaretçi arasındaki bağlantı şifrelenir, sunucu ile Cloudflare arasındaki trafik şifresiz kalır. Full (Tam) Modu: Sunucu ile Cloudflare arasındaki bağlantı da HTTPS olur, ancak sunucudaki SSL sertifikası self-signed (kendinden imzalı) olabilir. Full (Strict) Modu: En güvenli seçenektir; hem tarayıcı-Cloudflare hem de Cloudflare-sunucu arasındaki bağlantı HTTPS'dir ve sunucunuzda geçerli bir SSL sertifikası olmalıdır. Ayrıca, Always Use HTTPS ve Automatic HTTPS Rewrites seçeneklerinin aktifleştirilmesi, HTTP trafiğinin otomatik olarak HTTPS'ye yönlendirilmesini sağlayarak güvenliği artırır.