Çırçır makinesi, pamuğu tohumlarından ayırmak için şu şekilde çalışır: 1. Makinenin bir tarafı pamukla doldurulur. 2. Makine döndüğünde, pamuklar bir tarak yardımıyla taşınır ve tohumlarından ayrılır. 3. Pamuktan ayrılan tohumlar, alt kısımda bulunan bir bölmede biriktirilir. Eli Whitney'in modern çırçır makinesi, metal bir ızgaranın içine doğru uzanan 1,2 santimetre arayla yerleştirilmiş ince dil dizileri bulunan bir tahta silindirden oluşur. Hogden Holmes ise makineye dilli silindir yerine dairesel testere bıçakları yerleştirerek yeni bir çırçır makinesi geliştirmiştir.