Biyoyakıt çeşitleri üç ana kategoriye ayrılır: katı, gaz ve sıvı. Katı biyoyakıtlar: - Biyopelet: Odun talaşı ve tarımsal atıklardan sıkıştırılarak üretilir. - Biyobriket: Tarımsal ve ormansal atıkların preslenmesiyle elde edilen, oduna alternatif olarak kullanılan katı yakıt. Gaz biyoyakıtlar: - Biyogaz: Organik atıkların anaerobik sindirimi ile üretilen, metan içeriği yüksek gaz yakıt. - Hidrojen: Biyokütleden termokimyasal veya biyolojik yollarla elde edilen, temiz enerji kaynağı olarak kullanılan gaz. Sıvı biyoyakıtlar: - Biyoetanol: Şeker ve nişasta içeren biyokütleden fermente edilerek üretilen, benzine katkı olarak kullanılan sıvı yakıt. - Biyodizel: Bitkisel yağlar veya hayvansal yağlardan transesterifikasyon ile elde edilen, dizel motorlarda kullanılan biyoyakıt.