Akıllı tahtalar için kullanılabilecek işletim sistemleri arasında Android, Windows ve Pardus bulunmaktadır. Android: Hızlı açılış ve sade bir arayüz sunar, ancak gelişmiş yazılımlarda yetersiz kalabilir. Windows: Office ve gelişmiş yazılım desteği sağlar, ancak açılış süresi uzun olabilir ve teknik destek maliyeti daha yüksektir. Pardus: Milli Eğitim Bakanlığı ve TÜBİTAK iş birliğiyle geliştirilen Pardus, dokunmatik ekran kullanımına uygun bir işletim sistemidir. Ayrıca, hibrit (Android + Windows) sistemler de mevcuttur ve bu sistemler her iki işletim sisteminin avantajlarını birleştirir.