3D yazıcılarda akrilik, yağ bazlı, emaye ve cila gibi solventlere göre çeşitli kategorilere ayrılan boyalar kullanılabilir. Akrilik boyalar, çabuk kurudukları ve suyla temizlenebildikleri için yeni başlayanlar için uygundur. Sprey boyalar, uygun fiyat ve kullanım kolaylığı açısından tercih edilebilir. Yağ bazlı boyalar, çoğu ABS ve PLA ile iyi çalışır. Ayrıca, naylon gibi sentetik malzemeler için kumaş boyaları da kullanılabilir. Boya seçimi, projenin gereksinimlerine ve kişisel tercihlere bağlıdır.