5V fan yerine 12V fan kullanılması mümkündür, ancak bazı önemli hususlar göz önünde bulundurulmalıdır. 12V fanlar, daha yüksek voltaj nedeniyle daha yüksek hava akışı ve soğutma performansı sunar. Ancak, 5V fanlar daha düşük güç tüketimi ve daha az gürültü ile çalışır. Voltaj uyumsuzluğu nedeniyle, 5V fanı doğrudan 12V sistemine takmak fana zarar verebilir.