Manisaspor'un kapanma nedenleri arasında maddi sıkıntılar ve yanlış yönetim politikaları bulunmaktadır. Kulübün resmi olarak dava açılan 200 milyon TL'nin üzerinde borcu olduğu belirtilmiştir. 2019-20 sezonunda Türkiye Futbol Federasyonu'nun aldığı kararla ligde kalmasına rağmen, 2020-21 sezonunda 3. Lig 1. Grup'ta son sırada yer alarak Bölgesel Amatör Lig'e düşmesi kesinleşmiştir. 2024-25 sezonunda Süper Amatör Ligi lider tamamlayarak Bölgesel Amatör Lig için play-off oynamaya hak kazanmış, ancak bu turu da lider tamamlayarak profesyonel liglere veda etmiştir.