Pegasus uçaklarındaki koltuk düzeni, uçağın modeline göre değişiklik göstermektedir. Genel olarak: - Airbus A320 ve A321 uçaklarında 3-3 koltuk düzeni bulunmaktadır. - Boeing 737-800 uçaklarında ise 3-3 ve 2-2 koltuk düzeni mevcuttur. Pegasus'ta koltuk seçimi internet sitesi veya mobil uygulama üzerinden yapılabilir. Bazı koltuk tipleri ve özellikleri: - Ekstra diz mesafeli koltuklar: Özellikle uzun boylu yolcular için uygundur, yurt içi uçuşlarda 9 TL, yurt dışı uçuşlarda ise 11 Dolar'dan başlayan fiyatlarla sunulmaktadır. - Pencere kenarı koltuklar: Yurt içi seferlerinde 10 liradan, yurt dışı seferlerinde ise 4 Dolar'dan başlayan fiyatlarla alınabilir. - Ön koltuklar: Uçaktan inerken sıra beklemeyi istemeyenler için uygundur, iç hatlar için 9 TL, dış hatlar için 11 Dolar'dan başlayan fiyatlarla sunulmaktadır.