Pegasus'ta koltuk seçimi iki şekilde yapılabilir: 1. Bilet alımı esnasında: Pegasus'un internet sitesi veya mobil uygulaması üzerinden PNR kodu ve soyadı ile koltuk seçimi yapılabilir. 2. Check-in sırasında: Uçuştan 24 saat öncesine kadar ücretsiz online check-in hizmeti kullanılarak koltuk değişikliği yapılabilir. Bunun için: Check-in sayfasına girip rastgele bir koltuk atanır. Eğer bu koltuk istenmiyorsa check-in onaylanmadan sayfadan çıkılır. Yeni bir bilet alınıyormuş gibi işlemler tekrarlanır ve ücretli koltuk seçimi yapılır. Ödeme yapmadan önce normal bilete dönüp tekrar check-in sayfasına girildiğinde koltuğun değiştiği görülür.