Selçuk Bayraktar, İstanbul Teknik Üniversitesi Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği bölümünde lisans eğitimini tamamlamıştır. Yüksek lisans eğitimini sırasıyla şu üniversitelerde sürdürmüştür: University of Pennsylvania. Massachusetts Teknoloji Enstitüsü (MIT). Doktora eğitimini Georgia Institute of Technology'de (Georgia Tech) devam ettirmiş, ancak Baykar bünyesinde başlayan milli ve özgün insansız hava aracı teknolojileri geliştirme faaliyetlerini yürütmek için bu çalışmalarını dondurmuştur. Eğitim hayatı boyunca, Profesör George Pappas ve Profesör Eric Feron gibi isimlerin asistanlığını yapmıştır.