Ohrid Gölü'nün suyu temizdir çünkü her 10 yılda bir iç ve dış kaynaklardan gelen sular sayesinde kendini yeniler. Ayrıca, Ohrid Gölü'nün endemik ve Ohrid'e özgü birçok bitki ve hayvan türüne ev sahipliği yapması da suyun temiz kalmasına katkıda bulunur.