Küçük Menderes Havzası'nda yer alan ilçeler şunlardır: İzmir'in Çiğli, Aliağa, Kemalpaşa, Bergama, Dikili, Kınık ve Menemen ilçeleri hariç tüm ilçeleri; Aydın'ın Kuşadası ilçesi; Manisa'nın Salihli ilçesine bağlı Karaköy ve Turgutlu ilçesine bağlı Kabaçınar, Örenköy ve Yunusdere mahalleleri. Küçük Menderes Havzası'ndaki ilçeler: Bayındır, Beydağ, Kiraz, Menderes, Ödemiş, Selçuk, Tire ve Torbalı'dır.