Marmaray'ın 24 saat açık olmamasının sebebi, altyapı ve bakım çalışmalarının belirli saatlerde yapılması gerekliliğidir. Tüm dünyada olduğu gibi, Marmaray'da da yolcu işletmeciliği en geç saat 00.00'da sonlanmaktadır. Ayrıca, doğanın ve diğer dış faktörlerin etkileri nedeniyle, belirli saatler arasında daha iyi hizmet verebilmek amacıyla bakım çalışmaları gerçekleştirilmektedir.