Türkiye'nin en gizemli mağarası olarak birkaç aday öne çıkmaktadır: Ilgarini Mağarası: Kastamonu'da bulunan ve milyonlarca yıllık sarkıt ve dikitleriyle dikkat çeken bu mağara, Türkiye'nin en yaşlı mağaralarından biridir. Kızılelma Mağarası: Zonguldak'ta yer alan ve 6630 metre uzunluğuyla rengarenk damlataşlardan oluşan bu mağara, büyüleyici bir görünüme sahiptir. Gilindire (Aynalıgöl) Mağarası: Mersin'de bulunan bu mağara, 555 metre uzunluğundadır ve damlataş oluşumlarıyla doğal bir sergi alanı gibidir. Türkiye'nin en gizemli mağarası konusunda kesin bir görüş bulunmamaktadır.