Kuşadası Denizi'nin kirli olmasının birkaç nedeni vardır: 1. Derin Deşarj Boru Hatlarındaki Arızalar: Derin deşarj borularının arızalanması, kanalizasyon atıklarının denize karışmasına yol açar. 2. Yetersiz Arıtma Sistemleri: Turistik işletmeler ve sitelerden gelen atıkların yeterince arıtılmadan denize verilmesi deniz kirliliğini artırır. 3. Yapılaşma ve Nüfus Artışı: Artan yapılaşma ve nüfus yoğunluğu, denize arıtılmadan salınan atık miktarını artırır. Bu durumlar, deniz ekosistemini olumsuz etkileyerek su altı bitki ve canlılarının yok olmasına neden olur.