Marmaray hattı, Halkalı'dan Gebze'ye kadar şu duraklardan geçmektedir: Avrupa Yakası: Halkalı, Mustafa Kemal, Küçükçekmece, Florya, Florya Akvaryum, Yeşilköy, Yeşilyurt, Ataköy, Bakırköy, Yenimahalle, Zeytinburnu, Kazlıçeşme, Yenikapı, Sirkeci, Üsküdar. Anadolu Yakası: Ayrılık Çeşmesi, Söğütlüçeşme, Feneryolu, Göztepe, Erenköy, Suadiye, Bostancı, Küçükyalı, İdealtepe, Süreyya Plajı, Maltepe, Cevizli, Atalar, Başak, Kartal, Yunus, Pendik, Kaynarca, Tersane, Güzelyalı, Aydıntepe, İçmeler, Tuzla, Çayırova, Fatih, Osmangazi, Darıca, Gebze.