Çanakkale Karanlık Liman, iki nedenle tehlikeli olarak değerlendirilebilir: 1. Kaza Riski: Boğaz geçişlerinde bekleme yapmadan öncelik tanınması planlanan yakıt ikmal noktaları arasında yer alması, Montrö Boğazlar Sözleşmesi'ne aykırı bulunarak eleştirilmiştir. Bu durum, boğazda kaza riskini artırabilir. 2. Çevre Kirliliği: Bölgede lağım sularının denize dökülmesi, çevre kirliliğine yol açmaktadır.