Eyüp'e vapurla gitmek için, Üsküdar, Karaköy, Kasımpaşa, Fener, Balat, Hasköy, Ayvansaray, Sütlüce güzergahını takip eden Haliç Hattı'nı kullanabilirsiniz. Eyüp'e vapurla kalkış yapılabilecek iskeleler: Üsküdar İskelesi; Karaköy İskelesi; Kasımpaşa İskelesi; Fener İskelesi; Balat İskelesi; Hasköy İskelesi; Ayvansaray İskelesi; Sütlüce İskelesi. Eyüp'e vapur seferleri genellikle sabah 07:30'da başlayıp akşam 20:45'e kadar devam eder.