İzmir Meles Çayı'nın kirli olmasının başlıca nedenleri şunlardır: 1. Endüstriyel ve evsel atıklar: Deri fabrikaları gibi çeşitli endüstrilerden gelen atıklar, çaya karışarak kirliliğe yol açmaktadır. 2. Kanalizasyon sistemi eksikliği: Geçmiş yıllarda yeraltında yeterli kanalizasyon sisteminin yapılmamış olması, pisliklerin yüzeyde kalmasına ve çayın kirlenmesine neden olmuştur. 3. Yağmur suları ve tarımsal sulamadan dönen sular: Yağmur suları ve tarımsal faaliyetlerden dönen sular da çaya kirletici maddeler taşımaktadır. 4. Yetersiz temizlik çalışmaları: Çayda biriken atıkların düzenli olarak temizlenmemesi ve sadece kireç dökülerek kokunun engellenmeye çalışılması, kalıcı bir çözüm sağlamamaktadır.