Gebze Marmaray durakları şunlardır: Gebze; Darıca; Osmangazi; Fatih; Çayırova; Tuzla; İçmeler; Aydıntepe; Güzelyalı; Tersane; Kaynarca; Pendik; Yunus; Kartal; Başak; Atalar; Cevizli; Maltepe; Süreyya Plajı; İdealtepe; Küçükyalı; Bostancı; Suadiye; Erenköy; Göztepe; Feneryolu; Söğütlüçeşme; Ayrılık Çeşmesi; Üsküdar; Sirkeci; Yenikapı; Kazlıçeşme. Gebze'den Halkalı yönüne 15 dakika aralıklarla banliyö trenleri sefer yapmaktadır.